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苗期、成株期均可生棉花黑根腐病。苗期染病根系表皮、皮层受侵染后变褐，常延至下胚轴，根茎部肿胀，茎秆弯曲，植株矮小，茎部的病斑扩展后致表皮开裂，现长条形或梭形浅绿色病斑，后变成暗紫色至黑色，病株很易拔出，但维管束不变色。
成株染病顶叶下垂，叶色淡，叶凋萎但不脱落，根茎基部膨大，根茎腐烂，茎秆弯曲，中柱变为褐色至黑紫色，结铃少或不结铃。有的突然失水萎蔫。植株干枯死亡。
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