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玉米干腐菌以菌丝和分生孢子器在病残体和种子上越冬。降雨后从分生孢子器里释放出大量孢子，随气流传播。玉米开花时叶鞘变松，孢子随同花粉落入叶鞘内，萌发生从叶鞘侵入，也可从伤口茎秆基部，不定芽或花丝、穗梗及果穗的苞叶间直接侵入。玉米开花授粉后易感病。病菌适应温度范围广。高温多雨有利于病菌的浸染和发病，种子带菌，可进行距离传播。
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