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小麦卷曲病病菌以菌丝体在病残体上或以分生孢子附着在种子上越冬或越夏，通过风雨传播。为害麦穗者，主要通过小麦粒线虫传播，小麦卷曲病病菌常附着在虫瘿里的线虫体外，经由线虫携带进入小麦体内。因此穗上有卷曲者，通常也有线虫为害，小麦卷曲病和线虫病呈混生状态。但在田间也常见到同一病株有线虫病而无卷曲病，有的卷曲病株而无线虫为害。
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