小麦各生育期均可受小麦纹枯病的危害，造成烂芽、病苗死苗、花杆烂茎、倒伏、枯孕穗等多种症状。
病苗死苗
主要在小麦3-4叶期发生，在叶鞘上呈现中央灰白、边缘褐色的病斑，严重时因抽不出新叶而造成死苗。
花杆烂茎
返青拔节后，下部叶鞘产生总部灰白色、边缘浅褐色的云纹状病斑，多个病斑相连接形成云纹状的花杆。田间湿度大时，病叶鞘内侧及茎干上可见蛛丝状白色的菌丝体，以及由菌丝纠缠形成的黄褐色的菌核。
倒伏
由于茎部腐烂，后期极易造成倒伏。
枯孕穗
发病严重的主茎和大分蘖常抽不出穗，形成“枯孕穗”，有时虽能够抽穗，但结实减少，籽粒秕瘦，形成“枯白穗”。