水稻纹枯病的防治，应采用以农业防治为基础，结合适时用药的综合防治技术。
一是抓好以肥、水管理为中心的栽培防治病害。水稻生长期要合理排灌，以水控病，贯彻“前浅、中晒、后湿润”的用水原则，既要避免长期深灌，也要防止晒田过度，促进稻株健壮生长，控制纹枯病危害程度。
二是药剂防治。纹枯病不象稻瘟病、稻曲病的传播，它不是靠风雨传播，病害在田间的传播主要靠水流传播，在密植的稻丛间菌丝也能蔓延传病，一般在分蘖盛期至拔节末期，主要在株间或丛间横向扩展亦称水平扩展，导致田间病株率和病丛率的增加，其后病部由下位叶鞘向上位叶鞘和上部叶片发展，危害水稻上部功能叶，增加水稻的秕粒数。
因此药剂防治纹枯病应抓好两个时期，个时期即在水稻分蘖至分蘖末期，当丛发病率达5%时，施药在于杀死气生菌丝，控制病害的水平扩展。第二个时期即在水稻拔节至孕穗期，病丛率达10%时，用药防治，在于抑制菌核的形成和控制病害向上部叶鞘和叶片的发展，保护水稻上部三片功能叶不受侵染。