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小麦秆黑粉病病菌以冬孢子团散落在土壤中或以冬孢子粘附在种子表面及肥料中越冬或越夏，成为该病初侵染源。冬孢子萌发后从芽鞘侵入而至生长点，是幼苗系统性侵染病害，没有再侵染。该病发生与小麦发芽期土温有关，土温9—26℃均可侵染，但以土温20℃左右为适宜。此外发病与否、发病率高低均与土壤含水量有关。一般干燥地块较潮湿地块发病重。西北地区10月份播种的发病率高。品种间抗病性差异明显。
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