散黑穗病是花器侵染病害，一年只侵染一次。带菌种子是病害传播的途径。病菌以菌丝潜伏在种子胚内，外表不显症。当带菌种子萌发时，潜付的菌丝也开始萌发，随小麦生长发育经生长点向上发展，侵入穗原基。孕穗时，菌丝体迅速发展，使麦穗变为黑粉。厚垣孢子随风落在扬花期的健穗上，落在湿润的柱头上萌发产生先菌丝，先菌丝产生4个细胞分别生出丝状结合管，异性结合后形成双核侵染丝侵入子房，在珠被未硬化前进入胚珠，潜伏其中，种子成熟时，菌丝胞膜略加厚，在其中休眠，当年不表现症状，次年发病，并侵入第二年的种子潜伏，完成侵染循环。
刚产生厚垣孢子24小时后即能萌发，温度范围5-35℃，适20-25℃。厚垣孢子在田间仅能存活几周，没有越冬（或越夏）的可能性。小麦扬麦化期空气湿度大，常阴雨天利于孢子萌发侵入，形居病种子多，翌年发病重。