番茄畸形果应选用优质的品种进行防治，发现病株后及时拔除，可控制病害的蔓延。
（1）选用不易产生畸形果的品种，发生畸形果后要及时摘除，以利正常花果的发育。
（2）作好光温调控，培育抗逆力强的壮苗。提倡采用电热线快速育苗；苗床要光照充足并适时适量通风，幼苗破心后，直控制昼温20-25℃，夜温、3-17℃，以利花芽分化，育出节间短60天左右的适龄壮苗。
（3）加强肥水管理，防止植株徒长。采用配方施肥，满足植株生长发育所需的营养条件，避免偏施氮肥，防止分化出多心皮及形成带状扁形花。
（4）合理使用生长调节剂。幼苗出现徒长寸。勿过分采用降温或干旱控苗措施，而应在加强通风、适当控湿的基础上，喷施85%比久（B9）可溶性粉剂2000ppm控制徒长，这样既可提高幼苗质量，又不影响花芽分化。