番茄软腐病通过雨水进行传播蔓延，在高温高湿的环境下，更有利于病害的发生。
番茄软腐病病菌寄主范围很广，除为害茄科蔬菜外，也为害十字花科蔬菜等一些蔬菜。病菌主要随病残体在土中越冬，菜株生长期间，藉昆虫、雨水、灌溉水等传播，从伤口侵入。为害茎秆的，多从整枝伤口侵入，为害果实的，主要从害虫（烟青虫幼虫）的蛀孔侵入。
病菌侵入后，分泌果胶酶，使寄主细胞间的中胶层溶解，细胞分离，引起软腐。潮湿、阴雨和多狂风的天气或露水未干时整枝打杈，以及虫伤多的地块发病重。
温室和塑料大棚中如施用未腐熟的堆肥过多，植株生长过旺，湿度大常诱发此病。茎部染病主要是整枝过晚枝条过粗，或湿度大伤口难于愈合，给侵入造成可乘之机。病菌侵入后分泌果胶酶溶解中胶层，导致细胞分崩离析，致细胞内水分外溢，引起腐烂。阴雨天或露水未落干时整枝打杈，或虫伤多发病重。