玉米桃蛀螟主要蛀食玉米雌穗，也可蛀茎，遇风常倒折。初孵幼虫从雌穗上部钻入后，蛀食或啃食籽粒和穗轴，造成直接产量损失。钻蛀穗柄常导致果穗瘦小，籽粒不饱满。蛀孔口堆积颗粒状的粪屑，一个果穗上常有多头桃蛀螟为害，也可能与玉米螟混合为害，严重时整个果穗被蛀食，没有产量。还可引起穗腐病。
玉米桃蛀螟以老熟幼虫在玉米、向日葵、蓖麻等残株内结茧越冬。代成虫在5-6月间发生，主要为害果树。7-8月间发生的第二代成虫主要为害高粱穗部、玉米果穗、向日葵和蓖麻等。在玉米田，玉米吐丝散粉期，桃蛀螟成虫开始产卵，主要落卵部位为雄穗、雌穗着生叶、花丝、叶鞘、苞叶和雌穗上部叶片上。幼虫孵化后主要在玉米果穗上取食为害，取食籽粒和穗轴，也蛀茎为害，老熟后在附近结白色茧化蛹。深秋气温下降后，一代老熟幼虫在寄主残体中越冬。
玉米桃蛀螟与防治穗期玉米螟相同。除常规的农业措施以外，在卵孵化盛期用喷洒40％氰戊菊酯乳油4000倍液或2.5％溴氰菊酯乳油4000倍液均匀喷玉米果穗顶部防治。
对于穗期虫害，由于玉米植株高，种植密度大，采用喷法防治穗期钻心虫比较困难，可以在大喇叭口期施用毒死蜱颗粒剂，对穗期玉米螟等有一定防效，或在穗期玉米螟产卵初期，释放赤眼蜂防治。抽穗后用辛硫磷、氯氰菊酯、毒死蜱等杀虫剂1500-2000倍液喷施果穗及其上、下几个叶的叶腋处，有很好的防治效果，或在玉米果穗顶部或花丝上滴50%辛硫磷乳油等药剂300倍液1-2滴，对蛀穗害虫防治效果好。