棉苗立枯病的初侵染源主要来自土壤、农作物的病残体和肥料的使用，病原菌丝侵入棉苗十几个小时之后就会出现症状。
棉苗立枯病的初侵染源主要来自土壤、农作物的病残体和肥料等。病菌以菌丝体或菌核在病株残体或土壤中腐生越冬。翌年，病菌在萌动的棉籽和幼苗根部分泌物的刺激下开始萌发，可以直接侵入或从自然孔口及伤口侵入寄主。侵入的菌丝在棉苗上扩展很快，侵入十几个小时就出现状，两三天后就可造成死苗。棉苗子叶期易感病，棉苗出土的1个月内，如果土壤温度持续在摄氏15度左右，甚 至遇到寒流或低温多雨，就会严重发病。病组织上的菌丝可以向四周扩散，继续侵染周围的棉苗，所以常见数株成片或成段的病苗。若收花前低温多雨，棉铃受害，病菌还可侵入种子内部，成为下一年 的初次侵染来源。留在田间的病残体，产生菌核以度过不良环境条件，成为以后的病菌来源。