棉花黄萎病的病菌以菌丝体的形态在病残体或者土壤中过冬，到第二年感染棉花，在土壤中可存活8-10年之久。
棉花黄萎病病菌以菌丝体、厚垣孢子、微菌核在种子、棉籽饼、棉籽壳、病残体及混有病残体的土壤、粪肥等处越冬，成为翌年初浸染源。病菌微菌核抗逆性强，能耐80℃高温和-30℃低温，土壤中可存活8～10年。病菌通过调运带菌棉籽和棉籽饼进行远距离传播。田间还可通过土壤、粪肥、病残体、雨水、灌溉水及农事活动等途径传播。棉花现蕾后开始出现病株（6月底），发病晚于枯萎病，7～9月开花结铃期进入发病高峰。发病适温度24～27℃，低于25℃或高于30℃发病速度缓慢，超过35℃则隐症。梅雨期雨量大且持续时间长以及连作和有机质丰富的棉田发病重。大水漫灌、夏季多雨、偏施氮肥有利于发病，纯棉作区重于稻棉区。