水稻叶鞘腐败病病部产生的分生孢子梗圆柱状，有1～2回分枝，每次分枝3～4根，在分枝顶端着生分生孢子。分生孢子单胞无色，圆柱形至椭圆形，大小3～20×1.5～4（μm）。病菌生长温限10～35℃，菌丝生长和产生孢子适温为25～30℃，适宜pH值为3～9，其中pH5.5适。光照对病菌的生长发育、产生孢子有抑制作用，黑暗时产孢多。30℃潜育期1天，20～28℃为2天，23℃为3天，19℃为4天。
诸葛根樟研究认为本病与紫鞘病为同一病原，病菌通过伤口侵入寄主的，往往造成组织坏死，出现鞘腐病。从自然孔口侵入的往往造成细胞死亡，则出现紫鞘病。但陈吉棣等研究认为紫鞘病是另一病原。
水稻叶鞘腐败病种子带菌率59.7%，病菌可侵至颖壳、米粒，病菌在种子上可存活到翌年8～9月；稻草带菌散落场面的存活137天；浸泡田水中存活38天；褐飞虱、蚜虫、叶螨也带菌。侵染方式分3种。一是种子带菌的，种子发芽后病菌从生长点侵入，随稻苗生长而扩展，有系统侵染的特点。二是从伤口侵入。三是从气孔、水孔等自然孔口侵入。发病后病部形成分生孢子借气流传播，进行再侵染。