水稻紫鞘病种子带菌率59.7%，病菌可侵至颖壳、米粒，病菌在种子上可存活到翌年8～9月；稻草带菌散落场面的存活137天；浸泡田水中存活38天；褐飞虱、蚜虫、叶螨也带菌。侵染方式分3种。一是种子带菌的，种子发芽后病菌从生长点侵入，随稻苗生长而扩展，有系统侵染的特点。二是从伤口侵入。三是从气孔、水孔等自然孔口侵入。
水稻紫鞘病发病后病部形成分生孢子借气流传播，进行再侵染。病菌侵入和在体内扩展适温度为30℃，低温条件下水稻抽穗慢，病菌侵入机会多，高温时病菌侵染率低，但病菌在体内扩展快，发病重。生产上氮磷钾比例失调，尤其是氮肥过量、过迟或缺磷及田间缺肥时发病重。早稻及易倒伏品种发病也重。此外，水稻齿叶矮缩病也能诱发典型该种病害。