水稻赤枯病是土壤环境、栽培管理等多种因素综合作用的结果，发病内因主要是稻株缺钾。钾主要以水溶性的形态存在，在秧苗体内具有高度的移动性。由于种种因素的影响，秧苗根系对钾的吸收减少，营养比例失调，钾、氮平衡被打破，稻株体内钾含量不足，秧苗基部老叶中的钾转移到新生叶片中再利用，而下部老叶则表现出褐色的锈斑。
天气条件：7月份，大面积水稻处于分蘖期，机插秧等分蘖盛期在7月10日左右，直播稻、麦套稻分蘖盛期在7月20日左右，正是易感赤枯病
的生育期。据气象资料分析，今年7月份平均气温为27.2℃，是2005年以来的第4位，比去年同期低1.53℃，降雨35.4㎜，是2005年以来的第5位，比去年同期少187.6㎜。盛夏不热，气温低，降雨少，长时间的低温寡照造成稻田水温、土温低，根系发育不良，水稻吸收钾等营养元素的能力降低，诱发赤枯病。
栽培管理：低洼积水，长期深灌，水浆管理不当，土壤通透性差，长期缺氧，还原性强，产生大量的有毒物质（H2S等），毒害根系（根赤褐色，白根少，老根变黑腐烂，有恶臭味），降低稻株活力；秸秆全量还田的田块，秸秆在腐熟过程中与稻株争夺氮素，加之在无氧条件下腐烂，产生大量的有毒物质，若水浆管理措施不到位，特别干湿交替管理措施跟不上，有毒物质不能及时排出，将聚集于稻株根部，毒害根系，影响根系生长，终导致病害发生；麦套稻田秸秆还田量少，且多在田间沟中腐熟，处于有氧状态，有毒物质产生少，再加上水管措施及时到位，发病轻。