小麦根腐病与其它病害一样，农药防治根腐病首先就是种子，然后就是土壤，就是发病后的作物灌根用药选择。
①栽种前种子。也是常见的步减轻病害的方法。
种子用药量：因为种子与土壤用药比起来，面积小。所以种子拌种可以使用倍液相对较低。600-800倍液的恶霉灵或800-1000倍液的甲霜恶霉灵
②栽种前土壤。第二步减轻病害的方法。
土壤较种子药使用的倍液相对较高。1200-1500倍液的恶霉灵或1500-2000倍液的甲霜恶霉灵
③发病后灌根。第三步减轻病害的方法。
灌根与土壤相似，施药面积较大，所以用量一样。1200-1500倍液的恶霉灵或1500-2000倍液的甲霜恶霉灵
恶霉灵和甲霜恶霉灵不仅可以种子、土壤、灌根，并且还是一种植物生长调节剂，促进植物生长。此药能直接被植物根部吸收，进入植物体内，移动极为迅速。在根系内移动仅3小时便移动到茎部，24小时移动至植物全身。并且、低毒、无公害，能抑制病原菌丝体的正常生长或直接杀灭病菌，又能促进植物生长。与现在的绿色蔬菜，绿色生活达成了一致。恶霉灵和甲霜恶霉灵还对根腐病、立枯病、炭疽病、疫病、干腐病、黑星病、菌核软腐病等等病害，都有显著的效果。