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棉花角斑病病菌可在种子和病残体上越冬，苗期就有可能发病，温湿度与发病轻重有联系。
棉花角斑病的病菌在种子和病残体上越冬，成为来年发病的侵染源。棉籽带菌程度，是苗期发病轻重的决定性因素。温湿度与发病关系密切，中温多雨是此病发生的重要条件，土温在10―15℃时，一般不发病，16-20℃时开始发病，24-28℃时发病重，超过30℃后，病害反而减轻，湿度在85%以上时，病害发展快；6月上旬到8月上旬的雷阵雨越多，病害越严重。
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