辣椒黑霉病病害防治，先从辣椒种子开始预防，在施用农药即可防治。
采用测土配方施肥技术，施用腐熟有机肥4000kg/亩，适时追肥，增强抗病力。种子处理。可以用种子重量0.3％的50％异菌脲悬浮剂拌种。在发病前期，可采用以下杀菌剂或配方进行防治：50％甲 硫·硫磺悬浮剂800—1000倍液＋70％丙森锌可湿性粉剂600—800倍液；64％氢铜·福美锌可湿性粉剂1000倍液；50％腐霉利可湿性粉剂1000倍液＋70％代森锰锌可湿性粉剂800—1000倍液；50％异菌脲 悬浮剂1500倍液；对水均匀喷雾，视病情隔7天左右喷1次。
棚室栽培的要做好通风散湿，防止发病条件出现，并于座果后发病前采用粉尘法或烟雾法杀菌。粉尘法，于傍晚喷撒5％百菌清粉尘剂，每亩1kg。烟雾法，于傍晚点燃45％百菌清烟剂，每亩200— 250g，隔7—9天1次，视病情连续或交替轮换使用。