水稻缺锰时叶片的绿色变浅。锰和铁在作物体内紧密联系，参与叶绿素的形成，促进氧化酶的作用，并参与氮代谢、碳水化合物的同化以及抗坏血酸（维生素C）的生成。此外，作物体内吸收较多锰可引起铁吸收下降，相反，铁吸收增多又可以引起锰吸收减少。
水稻缺锰的防治方法：
（1）叶面喷施。一出现缺乏症，就应尽快在0.2～0.3%硫酸锰溶液或氯化锰溶液中加入生石灰使其至0.3%，每隔10天叶面喷施2～3次。另外市面上也有出售含锰叶面喷施剂，只要按说明书使用，就不会出现药害。
（2）施用酸性肥料。出现缺乏症时应该首先测定土壤酸度，缺锰时通常土壤pH值上升。对这种土壤，要施硫酸铵、氯化铵、氯化钾等使土壤酸化的肥料。用硫磺等来酸化土壤也是较为简捷的方法，但是缺锰并非一出现就对作物带来决定性障碍，因此，并不需要迫使土壤立即转变成酸性，应该施用酸性肥料缓慢地调节为适合于各种作物的pH值。
（3）施用硫酸锰。碱性土壤每667m2施20～30kg硫酸锰，中性土壤施10～20kg。
（4）在易缺乏有效态锰的地方，每隔2～3年每667m2施用2～4kg一氧化锰。或其它锰肥，如硫酸锰肥、铁锰粉剂等。
（5）增施有机肥。有些土壤，施用石灰质肥料就会很快变成中性或偏碱性土壤，施酸性肥料又使土壤酸性加强，这种土壤叫低缓冲性土壤。缓冲能力低的土壤易发生锰的缺乏或过剩，造成栽培管理上的难度。因此应多施堆厩肥或秸秆，增加土壤腐殖质，提高土壤缓冲能力。