因为水稻缺镁不明显，所以经常被忽视。插后3～4周，从下位叶叶尖处出现条纹状黄化，叶片从叶舌处垂直下垂。但黄化现象随下部叶片的枯死而逐渐消失，到分蘖盛期已不明显。但缺镁严重时，下位叶常于叶枕处折垂，塌沾水面，叶缘微卷；穗技梗基部不实粒增加，导致减产。
（1）叶面喷施。叶面的吸收镁效果好，如果发现缺乏症，则尽快将1%～2%硫酸镁溶液叶面喷施，连续喷施2～3次，间隔时间为7～10天。
（2）合理施用镁肥：①选择适当的镁肥种类。常用的含镁肥料主要有镁的硫酸盐、磷酸盐、碳酸盐、氯化物及氧化物等。如硫酸镁（含Mg6～19.9%）、水镁矾（20%）、泻盐（16.3%）、硫酸钾镁（6.6～9.4%）、钾镁肥（12%）、氧化镁（25.6%）、菱镁矿（27%）、白云石（10～13%）、磷酸镁铵（14%）、钙镁磷肥（9～10%）等。镁肥种类的选择一般以土壤条件和作物种类为依据。酸性土壤上宜选用碳酸镁和氧化镁；中性和碱性土壤上宜选用硫酸镁。水稻以选用氯化镁为好。②确定合理的镁肥用量及施用方法。镁肥应尽量早施。作基肥时每667m2用量（以MgO计，Mg%×1.67=MgO%）为3～3.5kg左右。
（3）控制氮钾肥用量。氮肥，尤其是铵态氮肥施用，不仅抑制水稻对镁的吸收，同时由于稀释效应，易引起缺镁的发生；过量钾对镁的吸收有明显的拮抗作用。因此，在供镁能力较弱的土壤上，要严格控制氮肥、钾肥的用量，避免发生缺镁症。
（4）改善土壤环境。水稻缺镁症多发生在有机质贫乏的酸性土壤上。因此，土壤环境的改善对防止缺镁症的发生有明显的作用。施用石灰，尤其是含镁石灰，或直接施用白云石粉，既可中和土壤酸度，又能提高土壤的供镁能力。施用有机肥，可促进水稻根系对镁的吸收，防止缺镁症的发生。