辣椒猝倒病病害防治主要从辣椒的种子进行处理防治，再者从辣椒苗床进行防治。
种子处理。用53％精甲霜·锰锌水分散粒剂600—800倍液或72.2％霜霉威水剂800-1000倍液或72%锰锌·霜脲可湿性粉剂600—800倍液浸种半小时，再用清水浸种8小时后催芽或直播；也可用35％甲霜灵拌种剂或3.5％咯菌·精甲霜悬浮种衣剂按种子重量的0.6％拌种。
苗床发现病株，应及时拔除，并及时施药防治，可以用下列杀菌剂或配方：25％吡唑醚菌酯乳油2000—3000倍液＋75％百菌清可湿性粉剂600—1000倍液；69％烯酰·锰锌可湿性粉剂1000倍液；72.2 ％霜霉威水剂400倍液＋70％代森锰锌可湿性粉剂600—1000倍液；53％精甲霜·锰锌可湿性粉剂600—800倍液；3％恶霉·甲霜水剂800倍液＋65％代森锌可湿性粉剂600倍液；72％锰锌·霜脲可湿性粉剂600—800倍液；60％锰锌·氟吗啉可湿性粉剂800—1000倍液；76％霜·代·乙膦铝可湿性粉剂800—1000倍液；15％恶霉灵水剂800倍液＋50％甲霜灵可湿性粉剂600—1000倍液；对水均匀喷雾，视病情隔7—10天喷1次。