大豆菌核病在大豆苗期时就有可能发病，会造成苗枯、叶腐、茎腐、荚腐等，对大豆产量质量危害极大。
大豆菌核病在大豆苗期至成熟期均可发病，花期受害重。为害地上部产生苗枯、叶腐、茎腐、荚腐等症。苗期染病：茎基部褐变，呈水渍状，湿度大时长出棉絮状白色菌丝，后病部干缩呈黄褐色枯死，表皮撕裂状，幼苗倒伏、死亡。叶片染病：始于植株下部，初叶面生暗绿色水浸状斑，后扩展为圆形至不规则形，病斑中心灰褐色，四周暗褐色，外有黄色晕圈，湿度大时亦生白色菌丝，叶片腐烂脱落。茎秆染病：多从主茎中下部分叉处开始，病部水浸状，后褪为浅褐色至近白色，病斑形状不规则，常环绕茎部向上下扩展，致病部以上枯死或倒折，湿度大时在菌丝处形成黑色菌核，病茎髓部变空，菌核充塞其中。干燥条件下茎皮纵向撕裂，维管束外露似乱麻，严重的全株枯死，颗粒不收。豆荚染病：出现水浸状不规则病斑，荚内、外均可形成较茎内菌核稍小的菌核，多不能结实。