大豆紫斑病的防治可从多种途径着手，从开始种植时选择抗病性较强的种子，注意田间管理，发病之后用化学药剂防治。
大豆紫斑病防治方法：选用抗病品种。选用早熟品种也有明显的避病作用。与禾本科或其他非寄主植物进行两年以上的轮作。剔除带病种子，适时播种，合理密植。加强田间管理，注意清沟排湿，防止田间湿度过大。大豆收获后及时田间病残体，深翻土地，减少初侵染源。
种子处理。播种前用种子重量0.3%的50%福美双+50%克菌丹可湿性粉剂拌种。开花始期、蕾期、结荚期、嫩荚期是防治紫斑病的关键时期。可喷施下列药剂：50%多菌灵可湿性粉剂800倍液＋65%代森锌可湿性粉剂600倍液；70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液＋80%代森锰锌可湿性粉剂500一600倍液；50%多菌灵·乙霉威可湿性粉剂1000倍液；50%苯菌灵可湿性粉剂2000倍液＋70%丙森锌可湿性粉剂800倍液等，每亩喷药液35—40kg，均匀喷施。