稻杆潜蝇主要分布在我国华南、西南各省（区），在广东的山区和丘陵区稻区普遍发生。近年该虫为害呈上升的趋势，所以，稻杆潜蝇的防治得到了广大农户的重视。
（1）改善耕作制度。单季稻、双季稻混栽山区尽量不种单季稻，可抑制发生量。
（2）加强田间管理。冬春季结合积肥，铲除田边、沟边、山坡边的杂草，以消灭越冬虫源；排水晒田可减轻为害。
（3）加强虫情预测预报，进行药剂防治。
采用狠治一代，挑治二代，巧治秧田的策略。一代为害重且发生整齐，盛期也明显，对防治有利。成虫盛发期、卵盛孵期是防治适期，当秧田每平方米有虫3.5~4.5头或本田每100丛有虫1~2头或产卵盛期末，秧田平均每株秧苗有卵0.1粒，本田平均每丛有卵2粒时开始防治成虫喷洒80%敌敌畏乳油或50%杀螟松乳油，每亩50毫升，兑水50公斤。防治幼虫用用50%杀螟松乳油，每亩用药100毫升，兑水50公斤。对带卵块的秧田，可用50%杀螟松乳油300倍液或36%克螨蝇乳油1000倍液浸秧根。浸秧时间需根据当时温度、秧苗品种及素质先试验后再确定，以防产生药害。